A、A基因与a基因属于位于一对同源染色体上的等位基因，所以在减数分裂过程中，A基因与a基因彼此分离，A正确；

　　B、减数分裂过程中，染色体复制一次，而细胞连续分裂两次，结果导致细胞中染色体数目减半，所以该细胞形成的正常精子中有二条染色体，B正确；

　　C、由于两对等位基因分别位于两对同源染色体上，所以该细胞在减数分裂过程中遵循基因自由组合定律，C正确；

　　D、在减数分裂过程中，B基因与b基因在减数分裂第一次分裂过程中分离，D错误．

　　故选：D．