A、表格中第三组亲代都是长翅，子代出现了残翅，表明残翅是隐性性状，长翅是显性性状，因此据第三组实验判定长翅为显性性状而不是第一组，错误；

　　B、假设控制长翅的基因是G，控制残翅的基因是g，则长翅的基因型是GG或Gg，残翅的基因型是gg．第三组杂交实验中，亲代长翅果蝇遗传给子代残翅（gg）的基因一定是g，因此亲代长翅果蝇的基因型是Gg，遗传图解如图1：

　　．

　　从图1中看出，子代长翅果蝇的基因型是GG或Gg．

　　“将第三组的长翅子代和残翅的果蝇进行交配”，遗传图解如图2、图3：

　　、，

　　从图2、图3看出，将第三组的长翅子代和残翅的果蝇进行交配，则后代为长翅的几率是50%或100%，而不都是50%，错误；

　　C、在有风的小岛上，残翅的果蝇飞不起来，不容易被风吹到海里，因此残翅属于有利变异；果蝇的残翅是遗传物质改变引起的变异，因此属于可遗传变异；所以残翅属于有利遗传的变异而不是有利不遗传的变异，错误；

　　D、果蝇的长翅和残翅是长期自然选择的结果，正确．

　　故选：D