A、动能的大小与质量和速度有关，若要探究动能的大小与质量的关系，需控制小球的速度相同，质量不同．所以应选质量不同的两个小球，故A错误；

　　B、探究物体动能大小与哪些因素有关时，物体动能的大小无法直接体验，所以通过小球对木块外做功的多少来体现小球动能的多少，即通过木块被推动的距离来判断小球动能的大小，故B正确；

　　C、小球从高处落下，高度降低，速度增大，是重力势能转化为动能，因为摩擦生热，小球的内能也增加，故C正确；

　　D、该实验用到的科学方法既有控制变量法，又有转换法，故D正确．

　　故选：A．