（1）限制酶能够识别双链DNA分子的某种特定的核苷酸序列，并且使每一条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键断开，产生黏性末端和平末端．

　　（2）EcoRⅠ酶切出粘性末端，SmaⅠ和NaeⅠ酶切出平末端，利用EcoRⅠ和NAE酶切得某种鱼的抗冻蛋白基因，可与被EcoRⅠ和SamⅠ酶切后的质粒连接成重组质粒，原因是相同的黏性末端之间可连接，且不同的平末端之间也可以连接．

　　（3）欲检测目的基因是否转录出mRNA，需利用标记的含有目的基因的DNA片段作探针，进行核酸分子杂交，若出现杂交带，说明目的基因是否转录出了mRNA．

　　（4）利用抗冻蛋白制备出相应的抗体，然后进行抗原-抗体杂交，观察到杂交带出现，尚不足以确定转基因抗冻番茄培育是否成功．因此，还应进行个体生物学水平的鉴定，将转基因番茄置于寒冷环境培养，以确定其耐寒能力是否提高．

　　（5）应用PCR扩增目的基因时，需要在基因组数据库中查询目的基因的核苷酸（或脱氧核苷酸或碱基）序列，以便合成引物．PCR过程第一轮循环的模板是目的基因的两条脱氧核苷酸链（或目的基因）．

　　故答案为：

　　（1）磷酸二酯键 黏性末端和平末端

　　（2）相同的黏性末端之间可连接，且不同的平末端之间也可以连接

　　（3）标记的含有目的基因的DNA片段（或“标记的抗冻蛋白基因”或“标记的含有目的基因的DNA单链”）

　　（4）抗体 置于寒冷环境培养（或进行个体水平检测或进行抗冻实验）

　　（5）核苷酸（或脱氧核苷酸或碱基） 目的基因的两条脱氧核苷酸链（或目的基因）