动物反应器：比如小鼠乳腺细胞表达系统等,具有真核动物细胞的蛋白加工系统,适合表达微生物反应器和植物反应器不能很好表达的动物内源性基因.

　　植物反应器：拟南芥,烟草等,适合表达一些真核基因和某些原核基因.其应用主要是摸索该基因在模式化植物中的作用,对农业作物基因改良有积极意义.

　　动植物反应器：优点在于能表达较为复杂的蛋白,缺点就是操作复杂,周期长,转化效率低.

　　微生物反应器：大肠杆菌,毕赤酵母等,适合表达原核蛋白和一些真核蛋白.优点就是生长快,周期短,操作简单,转化效率高.缺点就是对于一些真核蛋白缺乏必要的蛋白修饰加工系统,有可能造成该蛋白不表达或者表达无活性（比如包涵体形式存在）