A、抗虫小麦与矮秆小麦杂交，获得抗虫矮秆小麦，这采用了杂交育种的方法，并没有采用基因工程技术，A错误；

　　B、水稻F1花药经培养和染色体加倍，获得基因型纯合新品种，这采用了单倍体育种的方法，并没有采用基因工程技术，B错误；

　　C、将含抗病基因的重组DNA导入玉米细胞，经组织培养获得抗病植株，这采用了基因工程技术，C正确；

　　D、用射线照射大豆使其基因结构发生改变，获得种子性状发生变异的大豆，这采用可诱变育种的方法，并没有采用基因工程技术，D错误．

　　故选：C．