A、染色体和染色质是同种物质在细胞不同时期的两种形态，在分裂期成染色体的状态，其他时期呈现染色质的状态，A正确；

　　B、核仁与某种RNA（rRNA）的合成以及核糖体的形成有关，B正确；

　　C、一般认为，水离子和核苷酸等小分子物质可直接通透核膜；而RNA与蛋白质等大分子则经核孔出入核，C错误；

　　D、真核细胞的DNA主要存在于细胞核中，DNA转录形成RNA，进而翻译成蛋白质，控制细胞的代谢，故细胞核是遗传物质储存和复制的场所，是细胞的控制中心，D正确．

　　故选：C．