A、9：3：4实质上是9：3：3：1的变式，所以家兔毛色受两对独立遗传的等位基因控制，A错误；

　　B、F2灰兔有4种基因型（1/9AABB、2/9AABb、2/9AaBB、4/9AaBb），其中能稳定遗传的个体占1/9，B错误；

　　C、F2灰兔基因型有（1/9AABB、2/9AABb、2/9AaBB、4/9AaBb）4种，可产生的AB配子占1/9+2/9×1/2+2/9×1/2+4/9×1/4=4/9，同理可算出Ab和aB配子各占2/9；ab配子占1/9．所以F2灰兔产生配子及比例为AB：Ab：aB：ab=4：2：2：1，C错误；

　　D、F2中黑兔（2/3Aabb、1/3AAbb）产生两种配子：Ab：ab=2：1，白兔（1/4aaBB、2/4aaBb、1/4aabb）产生两种配子：aB：ab=1：1，则后代白兔的几率是1/3，D正确．

　　故选：D．