A、种子萌发时细胞代谢旺盛，自由水含量多，细胞内结合水/自由水的比值，比休眠时低，A错误；

　　B、人体细胞在进行有氧呼吸时消耗氧气，释放二氧化碳，其场所为线粒体，故同细胞质基质相比，线粒体氧气浓度降低，二氧化碳浓度升高，所以人体细胞内O2/CO2的比值，线粒体内比细胞质基质低，B错误；

　　C、神经细胞内K+浓度明显高于膜外，而Na+浓度比膜外低，静息电位的产生与维持主要是由于K+外流，动作电位产生的机制是Na+内流，所以K+/Na+的比值，动作电位时比静息电位时低，C错误；

　　D、光合作用的暗反应阶段，首先发生CO2的固定，即CO2与C5化合物结合生成C3，随后在光反应产生的ATP提供能量的前提下，C3被光反应的产物[H]还原，所以适宜条件下光合作用过程中C5/C3的比值，停止供应CO2后比停止前的高，D正确．

　　故选：D．