（1）果蝇具有培养周期短，易饲养，成本低；染色体数少，便于观察；某些相对性状区分明显等优点，所以科学家选择果蝇作为遗传学实验研究材料．

　　（2）果蝇的体细胞中有8条染色体，其中染色体2条，常染色体6条．由于XY染色体存在差异，所以对果蝇基因组进行研究时，应对3+XY共5条染色体进行测序．

　　（3）选用白眼雌果蝇和红眼雄果蝇进行杂交，①如果子代中雌果蝇全部红眼，雄果蝇全部白眼，则这对基因位于X染色体上；②如果子代中雌、雄果蝇全部为红眼，则这对基因位于常染色体上；③如果子代中雌、雄果蝇均既有红眼又有白眼，则这对基因位于常染色体上．

　　故答案为：

　　（1）培养周期短，容易饲养，成本低 染色体数目少便于观察 某些相对性状区分明显等

　　（2）6 5

　　（3）白眼雌果蝇×红眼雄果蝇

　　①子代中雌果蝇全部红眼，雄果蝇全部白眼，则这对基因位于X染色体上

　　②子代中雌、雄果蝇全部为红眼，则这对基因位于常染色体上

　　③子代中雌、雄果蝇均既有红眼又有白眼，则这对基因位于常染色体上