按水解底物的部位可分为内肽酶以及外肽酶,前者水解蛋白质中间部分的肽键,后者则自蛋白质的氨基或羧基末端逐步降解氨基酸残基.

　　根据各种蛋白酶活性部位的性质可分之为四大类：

　　丝氨酸蛋白酶其活性中心除丝氨酸外还包括组氨酸和天冬氨酸残基,如胰脏所分泌的各种内肽酶和与凝血、溶血纤维、补体系统有关的各种蛋白酶.

　　巯基蛋白酶其活性中心除半胱氨酸外还需有组氨酸残基参与,如植物来源的和细胞溶酶体内的某些组织蛋白酶.

　　天冬氨酸蛋白酶它们的活性中心是由两个天冬氨酸残基所组成,如由胃膜分泌的胃蛋白酶、肾脏中的血管紧张素释放酶及细胞溶酶体中的某些组织蛋白酶等.

　　金属蛋白酶其活性中心除金属离子外还需有其他氨基酸残基参与,如胰脏羧肽酶A的活性中心包括锌离子(Zn2+)及谷氨酸、酪氨酸残基.多数外肽酶及某些细菌蛋白酶往往属于这一类.

　　各种蛋白酶除需有参与催化肽键水解的基团外,还需有一定的与底物相结合的部位,由于这些部位的不同,从而决定了各种蛋白酶的不同专一性.

　　按其生理功能及其专一性又分为非限制性水解蛋白酶和限制性水解蛋白酶