A、该“十三肽”是由13个氨基酸形成的，其中赖氨酸有4个、天冬氨酸有3个、丙氨酸有13-4-3=6个，A正确；

　　B、该“十三肽”中含有赖氨酸有4个、天冬氨酸有3个、丙氨酸有6个，若彻底水解后可得到4个赖氨酸，B正确；

　　C、该“十三肽”中含有赖氨酸有4个、天冬氨酸有3个、丙氨酸有6个，其中赖氨酸的R基中含有氨基（1个）、只有天冬氨酸的R基中含有羧基（1个），所以该“十三肽”中含有的游离的氨基数=肽链数+4赖氨酸的R基中含有的氨基数=1+4×1=5个、含有的游离的羧基数=肽链数+3个天冬氨酸的R基中含有的羧基数=1+3×1=4个，C错误；

　　D、该化合物水解时需要消耗水，所以与未水解的化合物相比，水解后只有元素H和O的数目增加，其它原子数不变，D正确．

　　故选：C．