A、杂合高茎豌豆自交后代出现矮茎是由于含有矮茎基因的雌雄配子结合引起的，而基因重组是控制不同性状的基因重新组合，包括交叉互换重组、自由组合重组、基因工程和转化四种方式，A错误；

　　B、核孔是生物大分子进出细胞核的通道，而氨基酸、葡萄糖和核苷酸为小分子，不能自由通过核孔，B错误；

　　C、盐酸在观察DNA、RNA在细胞中的分布实验中的作用是增大细胞膜的通透性，加入染色剂进入细胞，而在观察植物细胞有丝分裂实验中的作用是解离，C正确；

　　D、水浴煮沸时DNA中的氢键会断裂，而蛋白质中的肽键不会断裂，D错误．

　　故选：C．