（1）题干中模拟的是探究酸雨对植物生长的影响．种子萌发所需要的外界条件是一定的水分﹑适宜的温度﹑充足的空气；如果这些种子都没发芽，也不能说明是酸雨的影响，因为很多因素影响种子的萌发，譬如选项的寿命、休眠等．

　　（2）我们所做的实验一般为对照实验，那么就要求要形成对照，变量具有唯一性，在设计的实验中我们明显发现缺少对照实验设计．作为对照实验要保证变量的唯一性，由于实验探究酸雨对植物的生长的影响，唯一变量应为--酸雨．所不同之处是在第②步中，设置另一盆条件完全相同的大豆种子，每天喷洒等量的清水．

　　（3）酸雨又被称为“空中死神”，通常是指酸碱度指数的PH值低于5.6的酸性降水，是当前全球三大环境问题之一．酸雨可使农作物大幅度减产，特别是小麦，在酸雨影响下，可减产13%至34%．大豆、蔬菜也容易受酸雨危害，导致蛋白质含量和产量下降．在酸雨的作用下，土壤中的营养元素钾、钠、钙、镁会释放出来，并随着雨水被淋掉，所以长期的酸雨会使土壤中大量的营养元素被淋失，造成土壤中营养元素严重不足，变得贫瘠．此外，酸雨能使土壤中的铝从稳定态中释放出来，使活性铝增加而有机络合态铝减少．土壤中活性铝的增加会严重抑制林木的生长．酸雨可抑制某些土壤微生物的繁殖，降低酶活性，土壤中的固氮菌、细菌和放线菌均会明显受到酸雨的抑制．酸雨还可使森林的病虫害明显增加．在四川，重酸雨区的马尾松林的病情指数为无酸雨区的2.5倍．酸雨危害水生生物，它使许多河、湖水质酸化，导致许多对酸敏感的水生生物种群灭绝，湖泊失去生态机能，最后变成死湖．酸雨还杀死水中的浮游生物，破坏水生生态系统此外，酸雨还会影响人和动物的身体健康，雨、雾的酸性对眼、咽喉和皮肤的刺激，会引起结膜炎、咽喉炎、皮炎等病症．酸雨直接危害植物的芽和叶，严重时使成片的植物死亡．酸雨使存在于土壤、岩石中的金属元素溶解，流入河川或湖泊，最终经过食物链进入人体，影响人类的健康．世界上许多古建筑和石雕艺术品遭酸雨腐蚀而严重损坏，如我国的乐山大佛、加拿大的议会大厦等．最近发现，北京卢沟桥的石狮及其附近的石碑、五塔寺的金刚宝塔等均遭酸雨侵蚀而严重损坏．

　　故答案为：（1）不能；因为很多因素影响种子的萌发，譬如选项的寿命、休眠等．

　　（2）作为对照实验要保证变量的唯一性，因此在第②步中，设置另一盆条件完全相同的大豆幼苗，每天喷洒等量的清水．

　　（3）酸雨的危害很多：酸雨对人眼和呼吸道产生刺激作用；酸雨降落到地面，会影响农作物的生长，导致减产；酸雨降落到河流、湖泊中，可使水呈现酸性，影响鱼类和水生植物等的正常生长；严重时，酸雨还会腐蚀建筑物、雕塑，使它们斑痕累累，黯然失色．