A、精原细胞经过间期复制产生染色单体，而染色单体变成染色体发生在减数第二次分裂后期，即次级精母细胞中，A错误；

　　B、有丝分裂过程中同源染色体不发生分离，因此性染色体组成为XY的受精卵在进行有丝分裂时，细胞中的性染色体不会只有XX（或只有YY），B正确；

　　C、X和Y是一对同源染色体，它们的分离发生在减数第一次分裂后期，即发生在初级精母细胞形成次级精母细胞的过程中，C正确；

　　D、X和Y是一对同源染色体，同时含XXYY的细胞可能出于有丝分裂或减数第一次分裂过程中，而减数第一次分裂过程不会出现着丝点的分裂，因此出现着丝点分裂的同时含XXYY的细胞，发生在受精卵的有丝分裂过程中，D正确．

　　故选：A．