A、在一块晶体硅的表面通过探针的作用移动硅原子，写下了“中国”两个字，只是硅原子的位置发生了变化，并没有新物质生成，属于物理变化，故A说法错误；

　　B、原子是用肉眼看不到的，这两个字是首次在一块晶体硅的表面通过探针的作用移动硅原子，写下的，所以这两个汉字是当时世界上最小的汉字，故B说法正确；

　　C、在一块晶体硅的表面通过探针的作用移动硅原子，写下了“中国”两个字，只是硅原子的位置发生了变化，并没有新物质生成，属于物理变化，故C说法正确；

　　D、首次在一块晶体硅的表面通过探针的作用移动硅原子，写下了“中国”两个字，说明我国科研已进入操纵原子的阶段，故D说法正确．

　　故选A．