∵点P（a-1，a+1）到x轴的距离是3，

　　∴|a+1|=3，

　　∴a+1=3或a+1=-3，

　　解得a=2或a=-4，

　　当a=2时，点P的坐标为（1，3），

　　当a=-4时，点P的坐标为（-5，-3），

　　∴点P到y轴的距离为1或5．

　　故答案为：1或5．