根据“一只雌鼠一条染色体上某基因发生了突变，使野生型性状变为突变型性状”，可以得知应该是显性突变．如果是常染色体则为：aa变为Aa，如果是伴X遗传则为：XaXa变为XAXa．这样的话，不管是伴性遗传还是常染色体遗传，就会有“该雌鼠与野生型雄鼠杂交，F1的雌雄中均有野生型，也有突变型．”因此，若要通过一次杂交试验鉴别突变基因在X染色体还是在常染色体上，选择杂交的F1个体最好是野生型（雌）×突变型（雄）．野生型雌鼠与突变型雄鼠杂交，若符合交叉遗传特点即后代表现为雄鼠都是野生型，雌鼠都是突变型，则突变基因在X染色体上；若后代性状与性别无关联，则在常染色体上．

　　故选：A．