A、了解重庆市所有九年级学生每天参加体育锻炼的平均时间，难度较大，适合抽样调查，故本选项正确；

　　B、审查一篇科学论文的正确性，要求精确度高，适合全面调查，故本选项错误；

　　C、对你所在班级同学的身高的调查，比较容易做到，适合全面调查，故本选项错误；

　　D、对“瓦良格”号航母的零部件性能的检查，事关重大，精确度要求高，必须全面调查，故本选项错误．

　　故选A．