首先,原子个数不同,比如O2（氧气）和O3（臭氧）,O2是直线分子,而O3呈V型,另外,相同原子连接方式不同,也会导致物质不同,如有机化学里的同分异构体,例如,乙醚

　　（H3C-O-CH3）和乙醇（CH3CH2-OH）,都由两个碳原子,六个氢原子,一个氧原子组成,但连接不同,又如,尿素[CO(NH2)2]和氰酸铵（NH4-O-C≡N）等