A、生物膜系统由细胞膜、细胞器膜和核膜组成，小肠黏膜不属于细胞内的生物膜系统，A错误；

　　B、有的酶存在于生物膜上，有的酶分布在细胞质基质中，B错误；

　　C、硅肺是肺部吸入硅尘后，硅尘被吞噬细胞吞噬，吞噬细胞中的溶酶体缺乏分解硅尘的酶，而硅尘却能破坏溶酶体膜，使其中的水解酶释放出来，破坏细胞结构，使细胞死亡，最终导致肺功能受损引起．和生物膜有关，C错误；

　　D、细胞内的生物膜把各种细胞器分隔开，使细胞内的化学反应不会互相干扰，D正确．

　　故选：D．