A、细胞质基质、线粒体基质和叶绿体基质功能不一样，所以成分也不一样，A正确；

　　B、细胞质基质是新陈代谢的主要场所，线粒体基质是有氧呼吸的第二场所，叶绿体基质是暗反应的场所，进行很多的生化反应，含有大量的酶，B正确；

　　C、细胞质基质、线粒体基质和叶绿体基质发生很多的生化反应，新陈代谢比较旺盛，含有较多的自由水，C正确；

　　D、细胞质基质中不含有DNA，线粒体基质和叶绿体基质中含有少量的DNA，D错误．

　　故选：D．