（1）萌发的种子呼吸作用旺盛，吸收瓶内的氧气，释放出大量的二氧化碳；煮熟的种子已没有生命力，不再进行呼吸作用，瓶内的氧气不会减少；因此将燃烧的蜡烛放在装有A瓶萌发的种子的瓶子里，蜡烛熄灭，因为该瓶内氧气被种子的呼吸作用利用了；B瓶起对照作用；

　　（2）将此装置放入黑暗处一昼夜，目的是为了让植物在黑暗中把叶片中的淀粉全部转运和消耗，暗处理后，再将C、D两个装置放在光下2小时，分别摘取一叶片，并进行脱色、漂洗、滴加碘液，观察到的现象是：D装置中的叶片变蓝，证明绿色植物制造淀粉需要二氧化碳，这样实验中用碘液检验的淀粉只可能是叶片在实验过程中制造的，而不能是叶片在实验前贮存．叶片的未遮盖部分遇碘变蓝，叶片的遮盖部分遇碘没有变蓝，说明光合作用需要二氧化碳．

　　（3）水分以气体状态从植物体内散发到植物体外的过程叫做蒸腾作用；植物的蒸腾作用主要在叶片进行；F塑料袋内的枝条除去其全部叶片；E塑料袋内的枝叶保持完整，因此蒸腾作用最旺盛，故水珠最多的应是E塑料袋．该实验说明进行蒸腾作用的主要器官是叶．因此剪去部分枝叶可以降低蒸腾作用强度，减少水分的散失．

　　故答案为：（1）消耗氧气；对照；

　　（2）黑暗；D；二氧化碳；

　　（3）E；叶片；减去部分枝叶．