A、该实验中用不透光的锡箔片把一片叶的部分区域从上、下两面遮盖，部分叶片遮光，还有部分叶片没有遮光，这样处理可以形成见光和不见光两部的对照实验，此实验的变量是光．该实验现象能说明光合作用需要光．故A设计合理．

　　B、该实验装置内的氢氧化钠溶液能够吸收空气中的二氧化碳，从而验证光合作用的原料是二氧化碳．故B设计合理．

　　C、该装置是验证种子萌发时释放二氧化碳的实验．种子萌发时，有机物彻底分解产生二氧化碳，将萌发的种子瓶内气体通入澄清石灰水，变浑浊（二氧化碳具有使澄清石灰水变浑浊的特性）．故C设计合理．

　　D、植物进行蒸腾作用的主要器官是叶，用塑料袋将植物连同盆土一同罩住，这样塑料袋内壁的水珠是否来自叶片的蒸腾作用就不能确定，因为把花盆中的土壤也扎在里面，水蒸气有可能来自土壤中的水分．故D设计不合理．

　　故选：D．