A、基因突变与染色体结构变异都导致碱基序列的改变，从而导致遗传物质发生改变，所以都属于可遗传的变异，A正确；

　　B、染色体结构变异中的倒位和易位必然会导致染色体上基因排列顺序的改变，B正确；

　　C、用光学显微镜能直接观察到染色体数目变异和结构变异，但是不能观察到基因突变，所以观察细胞有丝分裂中期染色体形态不能判断基因突变发生的位置，C错误；

　　D、基因突变一定会导致基因结构的改变，但由于密码子的简并性，基因突变不一定改变生物的个体表现型，D正确．

　　故选：C．