A、生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合属于基因重组，A正确；

　　B、DNA分子中发生碱基对的替换、增添和缺失而引起基因结构的改变，时间是有丝分裂间期和减数第一次分裂的间期，B错误；

　　C、染色体结构的变异指细胞内一个或几个染色体发生片段的缺失、增添、倒位或易位等改变，C错误；

　　D、染色体数目变异包括个别染色体的增加或减少，以染色体组的形式成倍的增加或减少，D错误．

　　故选：A．