A、有丝分裂间期和减数第一次分裂间期，DNA复制时发生碱基对的增添、缺失或改变，导致基因突变，因此基因突变在有丝分裂和减数分裂过程中都可以发生，A错误；

　　B、着丝点分裂后形成的两条染色体不能移向两极，导致染色体数目变异，这在有丝分裂和减数分裂过程中都能发生，B错误；

　　C、非同源染色体之间交换一部分片段，导致染色体结构变异，这在有丝分裂和减数分裂过程中都能发生，C错误；

　　D、非同源染色体之间发生自由组合，导致基因重组，这只发生在减数分裂过程中，D正确．

　　故选：D．