A、基因突变一定引起基因结构的改变，但由于密码子的简并性，则不一定能改变生物性状，A错误；

　　B、染色体结构变异可能会导致基因数目变化（如缺失、重复），也有可能不改变基因的数目，但改变基因的排列顺序（如易位、倒置），B错误；

　　C、一般情况下，基因重组只发生在减数分裂形成配子的过程中，水稻花药内精原细胞减数分裂形成配子的过程中可发生基因重组，但根尖细胞只能进行有丝分裂，不会发生基因重组，C正确；

　　D、杂合子Aa自交后代出现性状分离的原因是在减数分裂过程中等位基因随同源染色体分离而分开，D错误．

　　故选：C．