A、基因突变是DNA分子中发生碱基对的替换、增添和缺失而引起基因结构的改变，A错误；

　　B、根据题意，缺失了若干个基因，即缺失一个染色体片段，属于染色体结构变异，B正确；

　　C、基因自由组合是发生在减数第一次分裂的后期非同源染色体上的非等位基因的自由组合，C错误；

　　D、基因重组是生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合，D错误．

　　故选：B．