A、用二倍体西瓜给四倍体西瓜授粉，则四倍体植株上会结出三倍体有子西瓜，将该三倍体西瓜再种植后才能得到三倍体无籽西瓜，A错误；

　　B、由于显性纯合子和显性杂合子都表现为显性性状，因此基因重组所产生的新基因型不一定会表达为新的表现型，B正确；

　　C、基因分离导致杂合子Aa自交后代出现性状分离，产生新的基因型，不能产生新的基因，C错误；

　　D、花药离体培养过程中，基因突变和染色体变异均有可能发生，但不能发生基因重组，因为该过程中不会发生减数分裂，因此不会出现基因重组，D错误．

　　故选：B．