A、由题干可知，该种群中的基因型只有Bb，因此不考虑基因突变和染色体变异时，该果蝇种群中B基因频率为50%，A正确；

　　B、该种群中的基因型只有Bb，故理论上该果蝇种群随机交配产生的第一代中BB、Bb和bb的数量比为1：2：1，B正确；

　　C、若该果蝇种群随机交配的第一代中只有Bb和bb两种基因型，说明基因B纯合致死，且比例为2：1，C正确；

　　D、若基因B纯合致死，该果蝇种群随机交配的第一代中只有Bb和bb两种基因型，且比例为2：1；第一代产生的配子的基因型及比例是B：b=1：2，第一代再随机交配，产生后代的基因型及比例是BB：Bb：bb=1：4：4，其中AA显性纯合致死，因此Bb：bb=1：1；第二代产生的配子的基因型及比例是B：b=1：3，第二代随机交配，产生后代的基因型及比例是BB：Bb：bb=1：6：9，其中AA显性纯合致死，因此Bb：bb=2：3，D错误．

　　故选：D．