A、DNA聚合酶只能将单个脱氧核苷酸连接到已有的DNA片段上，不是基因工程中的“分子缝合针”，A错误；

　　B、限制性内切酶能识别特定的核苷酸序列，并在特定的位点切割DNA分子，B错误；

　　C、质粒等运载体能将目的基因导入受体细胞，但不是基因工程中的“分子缝合针”，C错误；

　　D、DNA连接酶能将两个DNA片段连接起来，是基因工程中的“分子缝合针”，D正确．

　　故选：D．