（1）构建以沼气为中心的“四位一体”生态农业时所依据的主要生态学原理是生态系统的物质循环再生，该生态农业最大的优点是提高物质和能量利用率，减轻环境污染．

　　（2）生产者是生态系统的主要成分，该生态系统的主要成分是水稻、大豆和蔬菜．从生态系统成分和能量流动角度分析同化在水稻和大豆中的能量除本身呼吸消耗外，其余能量流向下一营养级和分解者．

　　（3）蘑菇在该生态系统的成分中属于分解者．因为蘑菇细胞呼吸放出二氧化碳，为蔬菜的光合作用提供原料，所以在农业生产上，将蘑菇房与蔬菜大棚相通，可提高蔬菜产量．

　　（4）在发酵装置里的B过程中起重要作用的微生物属于原核生物，其细胞结构与水稻根细胞（真核细胞）最主要的区别是无核膜包被的成形细胞核．

　　故答案为：

　　（1）生态系统的物质循环再生 提高物质和能量利用率，减轻环境污染（或答实现物质和能量的多级利用，减少环境污染）　

　　（2）水稻、大豆和蔬菜 消费者和分解者（或下一营养级和分解者）

　　（3）分解者 因为蘑菇细胞呼吸放出二氧化碳，为蔬菜的光合作用提供原料

　　（4）无核膜包被的成形细胞核