①单倍体可能含有多个染色体组，因此可能含有多个等位基因，一个染色体组内无同源染色体，因此不含有等位基因，①正确；

　　②由分析可知，常染色体上的某种遗传病在男、女中的发病率不一定相等，如人类的秃顶、逆向性痤疮等，②正确；

　　③由隐性基因控制的遗传病，含有致病基因的个体不一定患该遗传病，染色体异常遗传病可能不含有致病基因，③错误；

　　④同源染色体大小、形态一般相同，X、Y染色体是同源染色体，但是大小形态不同；同源染色体是减数分裂过程中配对的染色体，大小、形态相同的染色体不一定是同源染色体，如着丝点分裂后形成的两条染色体，④错误．

　　故选：A．