A．如果生成了一种强酸弱碱盐，则碱部分电离，碱的浓度大于氢氧根离子的浓度，碱过量，没有全部参加反应，则溶液应该呈碱性，与题意不符合，故A错误；

　　B．等浓度的一元强酸和一元弱碱溶液反应，一元强酸中氢原子浓度大于一元强碱溶液中氢氧根离子浓度，与题意不符合，故B错误；

　　C．等浓度的一元弱酸和一元强碱混合，混合溶液呈碱性，与题意不符合，故C错误；

　　D．C（H+）=1×10-3mol/L的酸和一种C（OH-）=1×10-3mol/L的碱溶液等体积混和后溶液呈酸性，说明反应后酸能继续电离H+，应为弱酸，碱为强碱如果该弱酸为二元弱酸，则存在的电离方程为H2A⇌H++HA-，HA-⇌H++A2-，所以离子浓度关系为：c（HA-）＞c（H+）＞c（H2A）＞c（A2-），故D正确；

　　故选D．