①H2SO4+Ba（OH）2的离子反应为：2H++2OH-+Ba2++SO42-=BaSO4↓+2H2O，不能用“H++OH-═H2O”表示，故①错误；

　　②HNO3+Fe（OH）3的离子反应为：3H++Fe（OH）3=Fe3++3H2O，不能用“H++OH-═H2O”表示，故②错误；

　　③NaHCO3+KOH的离子反应为：HCO3-+OH-=CO32-+H2O，不能用“H++OH-═H2O”表示，故③错误；

　　④HCl+NaOH的反应实质为氢离子与氢氧根离子反应生成水，反应的离子方程式为：H++OH-=H2O，故④正确；

　　⑤CH3COOH+KOH反应的离子反应为：CH3COOH+OH-=CH2COO-+H2O，不能用“H++OH-═H2O”表示，故⑤错误；

　　⑥NaHSO4+KOH的反应实质为氢离子与氢氧根离子反应生成水，反应的离子方程式为：H++OH-=H2O，故⑥正确；

　　故选D．