A、突变包括基因突变和染色体变异，其中染色体变异可能会改变基因在染色体上的位置，A错误；

　　B、基因突变具有不定向性，可以向不同的方向突变，产生一个以上的等位基因，因此经过基因突变后，原有的等位基因关系可能发生改变，B正确；

　　C、女性正常者包括完全正常个体和携带者，若某人群的女性中正常者占99.5%，则色盲患者占0.5%，但色盲基因的频率大于0.5%，C错误；

　　D、种群基因型频率的改变不一定会引起基因频率的改变，如一个种群全部为Aa，基因频率为A%=50%、a%=50%，自交一代后，基因型频率变为AA%=25%、Aa=50%、aa=25%，但此时基因频率仍为A%=50%、a%=50%，D正确．

　　故选：BD．