A、干扰素是动物或人体细胞受到病毒侵染后产生的一种糖蛋白，它几乎能抵抗所有病毒引起的感染，是一种抗病毒的特效药，A正确；

　　B、农杆菌易感染双子叶植物和裸子植物，对单子叶植物没有感染力，原因是多数单子叶植物细胞不能合成酚类化合物，B正确；

　　C、启动子是RNA聚合酶识别和结合的部位，能启动转录过程，C正确；

　　D、蛋白质工程是指以蛋白质的结构规律及其与生物功能的关系作为基础，通过基因修饰或基因合成，对现有蛋白质进行基因改造，故基因工程原则上只能生产自然界已存在的蛋白质，而蛋白质工程可以对现有的蛋白质进行改造，从而制造一种新的蛋白质，D错误．

　　故选：D．