（1）PCR的原理是DNA双链复制；利用PCR技术扩增目的基因的前提是要有一段已知目的基因的核苷酸序列，以便根据这一序列合成引物；PCR利用了DNA的热变性原理，DNA受热变性后解链为单链，冷却使引物与DNA模板链结合，形成局部双链，然后在热稳定DNA聚合酶（或Taq酶）的催化下进行互补子链的合成．细胞内DNA复制时解链是在解旋酶的催化下完成的．

　　（2）基因中的启动子和终止子不能转录形成mRNA，因此以mRNA为模板逆转录形成的cDNA中不含启动子和终止子．检测目的基因是否转录出mRNA可采用分子杂交技术；蛋白质工程指以蛋白质的结构规律及其与生物功能的关系作为基础，通过基因修饰或基因合成，对现有蛋白质进行基因改造，或制造一种新的蛋白质，以满足人类的生产和生活的需要．因此，通过对Rubisco酶基因进行改造从而实现对Rubisco酶的改造属于蛋白质工程．

　　（3）改造Rubisco酶基因，提高了光合作用过程中Rubisco酶对CO2的亲和力，进而提高植物的光合作用速率，这说明基因通过控制酶的合成来控制代谢过程，进而控制生物体的性状．

　　故答案为：

　　（1）DNA双链复制 已知目的基因 引物 热稳定DNA聚合酶（或Taq酶） 解旋酶

　　（2）不含有 分子杂交 蛋白质

　　（3）酶的合成来控制代谢过程