次氯酸分解形成新生态氧[O],新生态氧的极强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性,从而致死病源微生物.其实,氯气消毒的原理也主要是以产生出次氯酸,然后释放出新生态氧[O]的方式.

　　HClO→HCl+[O]

　　其次,次氯酸在杀菌、杀病毒过程中,不仅可作用于细胞壁、病毒外壳,而且因次氯酸分子小,不带电荷,还可渗透入菌（病毒）体内,与菌（病毒）体蛋白、核酸、和酶等有机高分子发生氧化反应,从而杀死病原微生物.

　　R-NH-R+HClO→R2NCl+H2O

　　同时,次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压,使其细胞丧失活性而死亡.