核苷酸的排列顺序是DNA的一级结构,二级结构是在此基础上由于碱基互补形成的更高一级结构,比如两条单链互补形成双链,或单链自身回折形成发夹结构等等.

　　在PCR扩增反应中,如果单链形成二级结构的话,引物就不能很好地与单链模板结合,PCR反应就很难继续了.所以,对PCR引物设计的基本要求中会有一项说明扩增产物的单链不能形成二级结构.