①人类对天然林的砍伐使黑冠长臂猿的栖息地逐渐缩小，导致获取食物的范围越来越少；海南黑冠长臂猿对生存环境有很强的依赖性，只有在原始的雨林中才能生存，在林种单一的人工林、砍伐过的次生林里，海南黑冠长臂猿都不能生存．①正确．

　　②对生存环境依赖性强，而赖以栖身的原始森林不断遭到破坏，是海南黑冠长臂猿不断减少的重要原因．与农田面积锐减无关．②错误．

　　③水源枯绝会造成物种减少的原因，但不是主要原因．③错误．

　　④传染病会造成物种减少的原因，但不是主要原因．④错误．

　　⑤海南黑冠长臂猿又被称作乌猿，其骨骼为药材“乌猿骨”，中医传统理论认为有滋补养颜、祛风健骨、舒筋活血的功效．海南黑冠长臂猿以家庭为单元活动，一只被打，全家都逃不了，其情非常悲惨．在东方，通什等几百公里以外的群众进入保护区偷猎的比较多，对海南黑冠长臂猿等保护动物威胁极大，使海南黑冠长臂猿数量急剧减少．因此造成当年黑冠长臂猿数量减少的主要原因是人类乱捕滥杀和破坏其生存环境．⑤正确．

　　⑥地球变温会造成物种减少的原因，但不是主要原因．⑥错误．

　　故选：D