（1）在该农业生态系统中，只有生产者（农作物）才能进行光合作用制造有机物，有机物中储存着来自阳光的能量．因此能量流动的起点是农作物固定的太阳能；甲烷细菌、食用菌主要靠分解动植物残体中的有机物生活，因此属于分解者的有甲烷细菌、食用菌；

　　（2）有毒物质沿食物链流动逐级积累，营养级越高有毒物质积累越多．图中营养级最高的是人，因此“若果该农业生态系统的土壤和水被某种有毒物质污染”，一段时间后体内有毒物质积累最多的生物应该是人；

　　能量沿着食物链流动逐级递减．所以此生态系统中总能量损耗最少即可利用能量最多的一条食物链是最短的食物链即农作物→人；

　　（3）农作物秸秆的碎屑、沼气池中的沼渣都含有丰富的有机物，“可以作为培养蘑菇、木耳等食用菌的培养基”；蘑菇、木耳是真菌，可以通过大量的孢子繁殖后代．

　　（4）“与森林生态系统相比，农业生态系统的成分比较简单，生物的种类和数量比较少”，因此其自动调节能力弱于森林生态系统；

　　（5）如图2中，图A中两种群呈现出“同生共死”的同步性变化，属于互利共生关系；图B中两种群呈现出“先增加者先减少，后增加者后减少”的非同步性变化，属于捕食关系；图C中两种群呈现出“你死我活”的同步性变化，属于竞争关系．因此人吃家禽家畜，属于捕食关系，人和家禽家畜都吃农作物属于竞争关系，因此能表示出人与家禽家畜的关系的是B、C．

　　故答案为：（1）农作物固定的太阳能； 甲烷细菌、食用菌

　　（2）人；农作物→人

　　（3）有机物；孢子

　　（4）自动调节能力

　　（5）B、C