A、水稻叶肉细胞的叶绿体通过光合作用产生的氧气可以进入本细胞的线粒体参与有氧呼吸，A正确；

　　B、水稻叶肉细胞的线粒体通过有氧呼吸产生的CO2可进入本细胞的叶绿体内参与光合作用而被利用，B正确；

　　C、线粒体是有氧呼吸的主要场所，叶绿体产生的葡萄糖必须在细胞质基质中分解成丙酮酸后才能进入线粒体内被利用，C错误；

　　D、有氧呼吸的第二和第三阶段均能产生ATP用于一切生命活动，场所均是线粒体，光合作用的光反应阶段也能产生ATP用于暗反应，场所是叶绿体中类囊体的薄膜，D正确．

　　故选：C．