A、细菌中原本存在各种各样的突变个体，接触青霉素后，有抗药性的突变个体存活下来了，其他个体不能生存．青霉素对细菌进行了选择，所以并不是细菌接触青霉素“后”产生突变个体，而是青霉素选择出了抗药突变个体，A错误；

　　B、先经过长期的地理隔离，最后出现生殖隔离，是导致新物种形成的常见方式，B正确；

　　C、生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性．因此生物多样性的形成过程，不能说是新物种不断形成的过程，C正确；

　　D、生物进化的实质是种群的基因频率的改变，D正确．

　　故选：A．