（1）在分类上，该进化树的两大主干代表的分类等级是植物界和动物界．

　　（2）在结构功能方面，进化的趋势是从简单到复杂，藻类植物没有根茎、叶的分化，苔藓植物出现了茎和叶，没有真正的根；蕨类植物出现了根、茎、叶的分化；而较晚出现的裸子植物和种子植物结构复杂，有根、茎、叶、花、果实和种子六大器官的分化，从生物体的结构组成可以看出生物进化的趋势是从简单到复杂．

　　（3）动物类群①牧羊犬是哺乳类，其繁殖方式最主要的特征是胎生哺乳．右侧主干的②是松树，属于裸子植物，在生殖方式上比③蕨类植物高等的主要表现是用种子繁殖．

　　（4）在原始海洋中，经过上万年后这些有机小分子长期累积并相互作用，形成了比较复杂的有机大分子物质，如原始的蛋白质、核酸等．这些物质并逐渐形成了与海水分离的原始界膜，构成了相对独立的体系．一旦这些物质拥有了个体增殖和新陈代谢也就意味产生了A原始生命．原始生命特征是能生长、生殖、遗传．

　　（5）达尔文认为，自然选择过程是一个长期的、缓慢的、连续的过程．由于生存斗争不断地进行，因而自然选择也是不断地进行，通过一代代的生存环境的选择作用，物种变异被定向地向着一个方向积累，于是性状逐渐和原来的祖先不同了，这样，新的物种就形成了．由于生物所在的环境是多种多样的，因此，生物适应环境的方式也是多种多样的，所以，经过自然选择也就形成了生物界的多样性． 

　　故答案为：

　　（1）界

　　（2）根、茎、叶；输导组织；由简单到复杂

　　（3）胎生（哺乳）；用种子繁殖

　　（4）原始生命；生长、生殖、遗传

　　（5）生物多样性；自然选择