A、物质多样性原理的理论基础是生态系统的稳定性，如“三北”防护林建设中的问题、珊瑚礁生态系统的生物多样性，A错误；

　　B、协调与平衡原理的理论基础是生物与环境的协调与平衡，如太湖富营养化问题、过度放牧等，B错误；

　　C、物质循环再生原理的理论基础是物质循环，如“无废弃物农业”，C正确；

　　D、系统学与工程学原理包括系统的结构决定功能（如桑基鱼塘）和系统整体性原理（如珊瑚礁、藻类和珊瑚虫的关系），D错误．

　　故选：C．