A、由于城市污水中含有机物，流经该生态系统的总能量大于生产者所固定的太阳能，A正确；

　　B、群落的垂直结构是指不同种群在垂直空间位置不同，其中芦苇（挺水植物）、绿藻（浮游植物）、黑藻（沉水植物）在空间上的分布体现群落的垂直结构，而芦苇只是一个物种，故B错误；

　　C、藻类植物通吸收Mg2+的运输方式是主动运输，条件是需要载体和能量，故C错误；

　　D、生物多样性包括直接价值、间接价值和潜在价值，污水净化是一种生态功能，属于生物多样性的间接价值，故D正确．

　　故选：AD．