A、根据图中信息可知，地震毁损的某自然保护区恢复过程中，补偿输入到植食动物的能量是2×103 kJ/（m2•a），肉食动物是[（2.1+5.1+0.05+0.25）-（14+2-9-4-0.5）]×103=5×103 kJ/（m2•a），顶位肉食动物是12×103 kJ/（m2•a）．故在这场地震中营养级较高的生物受到影响最大．故A正确．

　　B、第二营养级的固定能量是（14+2）×103 kJ/（m2•a），传给第三营养级的能量是（14+2）×103-（14+2-9-4-0.5）×103=2.5×103 kJ/（m2•a），能量在第二营养级到第三营养级之间传递效率为2.5×103/[（14+2）×103]×100%=15.6%．故B正确．

　　C、肉食动物是[（2.1+5.1+0.05+0.25）-（14+2-9-4-0.5）]×103=5×103 kJ/（m2•a）．故C正确．

　　D、由图可知，流经该生态系统的总能量是生产者固定的太阳能和补偿输入的能量．故D错误．

　　故选D．