（1）光合作用是绿色植物把二氧化碳和水合成有机物，释放氧气，同时把光能转变成化学能储存在合成的有机物中的过程，因此绿色植物利用光能，把吸收来的二氧化碳和水转变成储存能量的有机物，促进植物生长，绿色植物进行光合作用制造有机物，绿色植物为动物提供了食物，动物吃植物，这样植物制造的有机物又转移到了动物体内．

　　（2）（3）细菌、真菌，细胞中没有叶绿体，不能进行光合作用，因此营养方式是异养，可把动植物遗体中的有机物分解成二氧化碳、水和无机盐，这些物质又能被植物吸收和利用，进行光合作用，制造有机物，由此可见，微生物在生态系统中的物质循环起到了不可替代的作用．

　　故答案为：（1）二氧化碳；水；

　　（2）细菌真菌； 二氧化碳；

　　（3）细菌、真菌；